Туннель под пирамидой Пернатого Змея пролегает на глубине 14 метров и имеет длину около 100 метров. Геофизические исследования показали, что туннель соединяет между собой несколько крупных галерей. Вход в туннель представляет собой квадратную шахту со стороной 5 метров. Согласно предварительным выводам исследователей, древние жители Теотиуакана сами закрыли вход в туннель примерно в первой половине III века нашей эры, вероятно, после того как поместили в подземные галереи нечто чрезвычайно важное. Ученым пока не удалось полностью расчистить вход в подземелье. Тем не менее, при помощи лазерного сканера и других приборов им удалось «просмотреть» около 37 метров туннеля. Предполагается, что туннель перегорожен одним или несколькими завалами или камнями, специально помещенными туда древними теотиуаканцами.

Пирамида Пернатого Змея является центральным сооружением так называемой Цитадели – комплекса, составляющего центр Теотиуакана. Подземелья под пирамидой, как полагают археологи, появились несколько раньше, чем Цитадель. Теотиуакан в период своего расцвета (III-V века нашей эры) являлся одним из крупнейших городов своего времени, его население достигало 150-200 тысяч человек. В городе жили представители многих мезоамериканских народов, в частности майя, запотеков, тотонаков (последние считались основателями Теотиуакана). Теотиуаканская культура оказала большое влияние на другие мезоамериканские цивилизации.